Bioorganic Chemistry
The Widmalm Research Group
Stockholm University » Organic Chemistry » The Widmalm Group » ECODAB
Stockholm University » Organic Chemistry » The Widmalm Group » ECODAB
| Serogroup | O29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Serotype | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Strain | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ECODAB# | 109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | aDGlc(1->6)aDGal(1->3)
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->3)DGro-1-P(O->6)bDGlc(1->4)aLFucNAc(1->3)bDGlcNAc(1-> | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CarbBank | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LinucsID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Non-sugar components | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | Structure [1] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identical to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cross-reacts with | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1H-NMR | 4.93 3.58 3.57 3.45 3.76 3.76 3.86 5.09 3.69 3.89 4.09 4.32 3.65 3.89 4.64 3.42 3.52 3.51 3.49 4.02 4.09 4.98 4.45 4.06 4.22 4.50 1.31 4.49 3.87 3.69 3.65 3.47 3.76 3.94 3.85 3.90 3.98 3.64 3.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conditions | Solvent: D2O; Temp.: 30C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference | acetone=2.225ppm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | [1] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13C-NMR | 98.5 72.5 75.2 71.0 73.0 62.1 100.8 69.6 70.8 71.2 71.0 67.2 104.5 75.2 76.7 70.1 76.4 65.7 99.5 50.4 72.1 79.2 69.4 16.8 103.1 56.9 79.9 70.1 77.3 62.3 67.7 70.8 72.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conditions | Solvent: D2O; Temp.: 30C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference | acetone=31.45ppm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | [1] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| wzx (flippase) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TrEMBL entry | B5L3I1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence | MSNKNKTFKDFINYFLGDLFVKGFMFISLPLLSRIMSPEDYGRMSLINAAVMILYVFISLNLQNAVINAY MKNEVDFPVYLGSVLWGLTAAQVLLVALSIYFAVPLGMLLSISKYDVYWVVAICILLSYIYIYTSYLQGA RLSSSFVKLNIFSKISEVVVIFVFAWFLTQDKYLAKVYAQLVISFILLTYVLKKLKKIAVFKFNVRYFIS ALAFSSPLIIHVLSNALLSQVDRLFIAKMLGEGQAGIYSFAYNIGMCILVVVMAWNSSWQPKLYKLIDSK DNGKIIRIVDVSSLLLLIVSFLSILFSKQMVEVLADNRYRESISVVPVILIGNSLIHIYLSYVNFTFYKK KTIYVSIGTLLAVAINIALNYILIPIYGIHGAAWATVIAYFMLAFFHYLIATIMLKANPLSLFLLLWYSA LLLASYFLVIYLDSLSLWISLSIKAMIIFIILIILMKTKIYNELKE |
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| wzy (polymerase) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TrEMBL entry | B5L3I2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence | MTVSIYLLLLAFVFLLAMSDFFIIADARNRFLLYIILFSLLVTFIGLRYQTGLDWLFYNNLFNGEGFSLA IEPGYYFFSYVSSFLMGYWIYQALITAVLIICLKTFFEKNTKNYLFCIGFFFLYQFIFVTEAIRQIIALS IILVAYKKFYDGKKLQFHMLTILACSFHISAVIVFILIPFLKRRNIYILKILTIVGLVLAIFSVYPVDYL IQLLSLLPAGGYIEKIRWYSQDDYAGSVLTFSLVFKVFVVLLFDYRFKSIKSHGQSLINARAYDFIYTSV YLMIFMDVYLGRFGTISTRLDVYFIPCFLIALNHLINEHKQGVSRFIFFFVVMVYFTINYLSIMNGYYFE KFYSPYQNYITEFLNPGSYSDRGWDVRYYFSNKELLQ |
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| Comment | From [2] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| References | [1] Carbohydr. Res. 341 (2006) 2176-2180 [PubMed 16784735] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| [2] FEMS Microbiol Rev.(2008) 627-653 [PubMed 18422615] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||