Bioorganic Chemistry
The Widmalm Research Group
Stockholm University » Organic Chemistry » The Widmalm Group » ECODAB
Stockholm University » Organic Chemistry » The Widmalm Group » ECODAB
| Serogroup | O5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Serotype | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Strain | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ECODAB# | 99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | ->2)bDQui3NAc(1->3)bDRibf(1->4)bDGal(1->3)aDGalNAc(1-> | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CarbBank | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LinucsID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Non-sugar components | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | Structure [1]. Differs from other O5 structure in the position of the linkage between GalNAc and Qui3NAc [1,2] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identical to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cross-reacts with | Weakly with E. coli O65 [1]. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1H-NMR | 5.38 4.41 3.74 4.21 3.86 3.79 3.79 5.26 4.30 4.27 4.09 3.62 3.72 4.76 3.59 3.95 3.29 3.59 1.34 4.44 3.53 3.75 4.03 3.73 3.74 3.77 2.06 2.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conditions | Solvent: D2O; Temp.: 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference | TSP=0.00ppm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | NMR [1] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13C-NMR | 96.3 48.6 78.4 69.5 71.8 61.6 109.3 75.3 78.9 81.7 63.1 103.5 73.6 56.3 73.6 74.1 17.8 105.9 71.5 73.6 76.6 75.3 61.9 23.1 174.8 23.3 175.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conditions | Solvent: D2O; Temp.: 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference | dioxan=67.4ppm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | NMR [1] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| wzx (flippase) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TrEMBL entry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| wzy (polymerase) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TrEMBL entry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| References | [1] Carbohydr. Res. 340 (2005) 645-650 [PubMed 15721335]. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| [2] Biochem. Cell. Biol. 75 (1997) 199-205 [PubMed 9404639]. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||